Quand je vois la mention « no bacter », mes poils se hérissent. Pourquoi tant de haine … Pourquoi stériliser à tout prix un environnement naturel où justement la biodiversité est un gage de santé ? Allons faire un tour au plus profond de nous, à la rencontre de nos hôtes mal aimés …
Le microbiote humain se compose de l’ensemble des microbes qui vivent dans et sur le corps. En fait, il y a 10 fois plus d’habitants microbiens du corps que de cellules corporelles.
L’étude du microbiome humain inclut les microbes des habitants ainsi que l’ensemble des génomes des communautés microbiennes du corps. Ces microbes résident dans des endroits distincts de l’écosystème du corps humain et remplissent des fonctions importantes qui sont nécessaires au développement normal.
Par exemple, les microbes intestinaux nous permettent de digérer et d’absorber correctement les nutriments des aliments que nous mangeons.
L’activité génique des microbes bénéfiques qui colonisent le corps a un impact sur la physiologie humaine et protège contre les microbes pathogènes. La perturbation de l’activité appropriée du microbiome a été associée au développement d’un certain nombre de maladies auto-immunes, notamment le diabète et la fibromyalgie.
Les microbes du corps
Les organismes microscopiques qui habitent le corps comprennent les archées, les bactéries, les champignons, les protistes et les virus.
Les microbes commencent à coloniser le corps dès la naissance. Le microbiome d’un individu change en nombre et en type tout au long de sa vie, le nombre d’espèces augmentant de la naissance à l’âge adulte et diminuant avec la vieillesse. Ces microbes sont spécifiques d’une personne à l’autre et peuvent être affectés par certaines activités, comme le lavage des mains ou la prise d’antibiotiques. Les bactéries sont les microbes les plus nombreux du microbiome humain.
Les archaea – procaryotes unicellulaires capables de vivre dans certains des environnements les plus extrêmes.
On pensait autrefois qu’elles étaient des bactéries, mais on a constaté qu’elles différaient des bactéries par la composition de la paroi cellulaire et le type d’ARNr.
Les archéens peuvent être trouvés dans l’intestin humain et comprennent des espèces méthanogènes, qui nécessitent des conditions sans oxygène pour survivre.
Les bactéries – procaryotes unicellulaires avec une variété d’espèces et de formes. Ces divers microbes sont capables d’habiter dans un certain nombre d’environnements différents et peuvent être trouvés dans diverses zones du corps, y compris sur la peau, à l’intérieur du tube digestif et à l’intérieur de l’appareil reproducteur féminin.
Les champignons – organismes unicellulaires (levures et moisissures) et multicellulaires (champignons) produisant des spores pour la reproduction.
Ils n’effectuent pas de photosynthèse; ils acquièrent plutôt leurs nutriments par absorption.
Les communautés fongiques du corps sont également appelées mycobiome. La levure unicellulaire colonise des zones du corps telles que la peau, le vagin et le tractus gastro-intestinal.
Les protistes – groupe diversifié d’eucaryotes qui peuvent être unicellulaires ou multicellulaires. De nombreux protistes ne partagent pas de caractéristiques communes mais sont regroupés parce qu’ils ne sont pas des animaux, des plantes ou des champignons. Des exemples de protistes comprennent les amibes, les paramécies et les sporozoaires.
Alors que de nombreux protistes sont des parasites pour leurs hôtes, d’autres existent dans des relations commensales (une espèce en profite sans nuire ou aider l’autre) ou mutualistes (les deux espèces en bénéficient). Les protistes qui résident généralement dans le microbiome de l’intestin humain comprennent Blastocystis et Enteromonas hominis.
Les virus – particules infectieuses constituées de matériel génétique (ADN ou ARN) enfermé dans une enveloppe protéique appelée capside. Un certain nombre de virus font partie du microbiome humain et comprennent les virus qui infectent les cellules humaines, les virus qui infectent les bactéries (bactériophages) et les segments de gènes viraux qui ont été insérés dans les chromosomes humains.
Le virome humain réside dans plusieurs zones du corps, y compris le tractus gastro-intestinal, la bouche, les voies respiratoires et la peau.
Le microbiome humain comprend également des animaux microscopiques, tels que les acariens. Ces petits arthropodes colonisent généralement la peau, appartiennent à la classe des Arachnides et sont liés aux araignées.
Le microbiome cutané
La peau humaine est peuplée d’un certain nombre de microbes qui résident à la surface de la peau, ainsi que dans les glandes et les cheveux. Notre peau est en contact permanent avec notre environnement extérieur et sert de première ligne de défense du corps contre les agents pathogènes potentiels.
Le microbiote cutané aide à empêcher les microbes pathogènes de coloniser la peau en occupant les surfaces cutanées. Ils aident également à éduquer notre système immunitaire en alertant les cellules immunitaires de la présence d’agents pathogènes et en déclenchant une réponse immunitaire.
L’écosystème de la peau est très diversifié, selon les différents types de surfaces cutanées, niveaux d’acidité, température, épaisseur et exposition au soleil. En tant que tels, les microbes qui habitent un endroit particulier sur ou à l’intérieur de la peau sont différents des microbes des autres habitants de la peau.
Les bactéries qui colonisent la peau se développent dans l’un des trois principaux types d’environnements cutanés: gras, humide et sec.
Les trois principales espèces de bactéries qui peuplent ces zones de la peau sont Propionibacterium (trouvé principalement dans les zones huileuses), Corynebacterium (trouvé dans les zones humides) et Staphylococcus (trouvé dans les zones sèches).
Bien que la plupart de ces espèces ne soient pas nocives, elles peuvent le devenir dans certaines conditions. Par exemple, les espèces de Propionibacterium acnes vivent sur des surfaces huileuses telles que le visage, le cou et le dos. Lorsque le corps produit des quantités excessives d’huile, ces bactéries prolifèrent à un rythme élevé. Cette croissance excessive peut conduire au développement de l’acné.
D’autres espèces de bactéries, telles que Staphylococcus aureus et Streptococcus pyogenes, peuvent causer des problèmes plus graves.
On ne sait pas grand-chose sur les virus commensaux de la peau car la recherche dans ce domaine a été limitée jusqu’à présent. On a découvert que les virus résidaient sur les surfaces de la peau, dans les glandes sudoripares et sébacées et à l’intérieur des bactéries cutanées.
Les espèces de champignons qui colonisent la peau comprennent Candida, Malassezia, Cryptocoocus, Debaryomyces et Microsporum. Comme pour les bactéries, les champignons qui prolifèrent à un taux inhabituellement élevé peuvent causer des conditions problématiques et des maladies. Les espèces de champignons Malassezia peuvent provoquer des pellicules et un eczéma atopique.
Les animaux microscopiques qui colonisent la peau comprennent les acariens. Les acariens Demodex, par exemple, colonisent le visage et vivent à l’intérieur des follicules pileux. Ils se nourrissent de sécrétions d’huile, de cellules mortes de la peau et même de certaines bactéries cutanées.
Microbiome intestinal
Le microbiome intestinal humain est diversifié et dominé par des milliards de bactéries et compte jusqu’à mille espèces bactériennes différentes. Ces microbes se développent dans les conditions difficiles de l’intestin et sont fortement impliqués dans le maintien d’une alimentation saine, d’un métabolisme normal et d’une fonction immunitaire appropriée.
Ils aident à la digestion des glucides non digestibles, au métabolisme de l’acide biliaire et des médicaments, et à la synthèse d’acides aminés et de nombreuses vitamines. Un certain nombre de microbes intestinaux produisent également des substances antimicrobiennes qui protègent contre les bactéries pathogènes.
La composition du microbiote intestinal est unique à chaque personne et ne reste pas la même. Il change avec des facteurs tels que l’âge, les changements alimentaires, l’exposition à des substances toxiques (antibiotiques) et les changements de santé. Des modifications de la composition des microbes intestinaux commensaux ont été associées au développement de maladies gastro-intestinales, telles que la maladie inflammatoire de l’intestin, la maladie cœliaque et le syndrome du côlon irritable.
La grande majorité des bactéries (environ 99%) qui habitent l’intestin proviennent principalement de deux phylums: les Bacteroidetes et les Firmicutes. Des exemples d’autres types de bactéries trouvés dans l’intestin comprennent des bactéries provenant des protéines phyla (Escherichia, Salmonella, Vibrio), des actinobactéries et des mélainabactéries.
Le microbiome intestinal comprend également les archées, les champignons et les virus. Les archéens les plus abondants dans l’intestin sont les méthanogènes Methanobrevibacter smithii et Methanosphaera stadtmanae. Les espèces de champignons qui habitent l’intestin comprennent Candida, Saccharomyces et Cladosporium. Des altérations de la composition normale des champignons intestinaux ont été associées au développement de maladies telles que la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse.
Les virus les plus abondants dans le microbiome intestinal sont les bactériophages qui permettent de limiter l’expansion des bactéries pathogènes.
Microbiome buccal
Le microbiote de la cavité buccale comprend les archées, les bactéries, les champignons, les protistes et les virus.
Ces organismes existent ensemble et la plupart dans une relation mutualiste avec l’hôte, où les microbes et l’hôte bénéficient de la relation. Alors que la majorité des microbes oraux sont bénéfiques, empêchant les microbes nocifs de coloniser la bouche, certains sont connus pour devenir pathogènes en réponse aux changements environnementaux. Les bactéries sont les plus nombreuses des microbes oraux et comprennent Streptococcus, Actinomyces, Lactobacterium, Staphylococcus et Propionibacterium.
Les bactéries se protègent des conditions difficiles dans la bouche en produisant une substance collante appelée biofilm.
Le biofilm protège les bactéries des antibiotiques, des autres bactéries, des produits chimiques, du brossage des dents et d’autres activités ou substances dangereuses pour les microbes. Les biofilms de différentes espèces bactériennes forment une plaque dentaire, qui adhère à la surface des dents et peut provoquer des caries dentaires.
Les microbes oraux coopèrent souvent entre eux.
Par exemple, les bactéries et les champignons existent parfois dans des relations mutualistes qui peuvent être nocives pour l’hôte. La bactérie Streptococcus mutans et le champignon Candida albicans agissant conjointement provoquent des caries sévères, le plus souvent observées chez les personnes d’âge préscolaire. S. mutans produit une substance, le polysaccharide extracellulaire (EPS), qui permet à la bactérie de coller aux dents.
L’EPS est également utilisé par C. albicans pour produire une substance gluante qui permet au champignon de coller aux dents et à S. mutans. Les deux organismes travaillant ensemble conduisent à une plus grande production de plaque et à une production d’acide accrue. Cet acide détruit l’émail des dents, entraînant une carie dentaire.
Les archées présentes dans le microbiome oral comprennent les méthanogènes Methanobrevibacter oralis et Methanobrevibacter smithii. Les protistes qui habitent la cavité buccale comprennent Entamoeba gingivalis et Trichomonas lenax. Ces microbes commensaux se nourrissent de bactéries et de particules alimentaires et se retrouvent en bien plus grand nombre chez les personnes atteintes de maladies des gencives. Le virome oral est principalement constitué de bactériophages.
Nous traiterons à part du microbiome spécifique des muqueuses sexuelles et des oreilles …