Après avoir identifié nos hôtes microscopiques (microbiotes), nous savons désormais (microbiome) les quantifier et en mesurer l’évolution, tant chez des malades que chez les personnes en bonne santé. Hé bien oui, nos compagnons de vie sont de première importance.
Aspergillus (à gauche) et ces trois échantillons de bactéries prélevés sur les lèvres et entre les dents.
Les microbiomes sont comme des empreintes digitales : si divers que deux personnes ne peuvent pas en avoir des identiques. Ils sont également incroyablement dynamiques – ils grandissent, rétrécissent et évoluent tellement tout au long de la vie d’une personne que le microbiome d’un bébé sera radicalement différent au moment où il grandira. Une poignée d’espèces microbiennes se trouvent dans plus de 90% des personnes dans les sociétés occidentalisées, mais la plupart des espèces se trouvent dans 20% à 90% des personnes (même Escherichia coli , qui est probablement la seule bactérie intestinale que la plupart des gens pourraient nommer, n’atteint pas une fréquence de 90 %.) Des études suggèrent que les sociétés non occidentalisées ont une diversité encore plus grande de microbes et des microbiomes plus variables.
Au sein d’une population, deux individus choisis au hasard ont généralement moins de la moitié de leurs espèces de microbiome en commun – en moyenne, le chevauchement de la composition microbienne de l’intestin se situe entre 30% et 35%. Les microbiologistes se demandent s’il existe un ensemble « essentiel » d’espèces microbiennes que possèdent toutes les personnes en bonne santé, mais s’il existe, il s’agit probablement d’un pourcentage à un chiffre du total.
il existe une quantité massive de transmission de la mère au bébé, de sorte que la mère “imprime le microbiome à la naissance”. Des travaux récents ont montré que les mères continuent de façonner les microbiomes de leurs nourrissons au cours des quelques années.
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Mais la diversité du microbiome change de manière significative entre l’enfance et l’âge adulte, donc cet héritage précoce des mères “n’explique pas les microbes que nous voyons chez les adultes. Les chercheurs ont largement exclu la possibilité que les nouveaux microbes proviennent de la nourriture que les gens mangeaient, car ces microbes n’étaient pas capables de bien coloniser l’intestin.
Mais voici une surprise: bien que les nourrissons nés par voie basse partagent plus de souches avec leur mère que les nourrissons nés par césarienne, cette différence disparu à l’âge de trois ans. A condition bien sûr d’une présence maternelle constante.
À mesure que nous vieillissons, une partie importante de nos microbiomes continue de provenir des personnes avec lesquelles nous vivons ou à proximité. Les personnes vivant sous un même toit partagent le plus de souches, mais même les personnes vivant dans le même village ont tendance à avoir plus de souches en commun que les personnes séparées par de plus grandes distances. La fréquence de partage des souches semble constante dans les différentes sociétés, les habitants des pays non occidentalisés ont tendance à avoir des microbiomes plus diversifiés.
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On a également découvert que les souches communes pouvaient être perdues avec le temps. Les jumeaux qui grandissent ensemble avaient un niveau de partage de souche d’environ 30 % qui a chuté à environ 10 % après 30 ans de vie séparée.
On ne sait pas comment les organismes du microbiome se propagent entre les personnes. Les baisers et le sexe en expliquent une partie, mais les microbes pourraient également être transmis par des gouttelettes crachées par la toux et les éternuements, ou ils pourraient être prélevés sur des surfaces contaminées. Il reste également beaucoup à apprendre sur les microbes qui se propagent plus facilement que les autres.
Propagation de la santé ou de la maladie
Maintenant que l’étendue du partage a révélé les modèles de distribution de microbes uniques, nous pouvons examiner ce qui se passe dans la maladie.
Certaines maladies qui ne sont généralement pas considérées comme contagieuses pourraient avoir un aspect transmissible négligé.
Certaines souches d’E. coli , par exemple, peuvent libérer des toxines susceptibles d’augmenter le risque de cancer. Les personnes atteintes de certains cancers colorectaux dont les microbiomes contiennent davantage d’ espèces de Fusobacterium ont tendance à avoir un pronostic plus sombre et de moins bons résultats avec le traitement. Les microbes intestinaux qui affectent les niveaux de glucose et d’insuline dans le corps ont été liés à l’obésité et à des conditions telles que le syndrome métabolique et même le diabète de type 2 . Un microbiome intestinal déséquilibré a été lié à la neurodégénérescence, et il est théorisé qu’il pourrait jouer un rôle dans des conditions cérébrales comme la maladie d’Alzheimer .
Mais comprendre dans quelle mesure un certain microbiome contribue au risque [de maladie], est unea question difficile”. Même la plupart des études qui trouvent de telles associations ne peuvent pas déterminer si les microbes causent la maladie ou trouvent simplement plus facile de coloniser une personne à risque de contracter la maladie.
Si les «mauvais» microbes qui augmentent le risque de problèmes de santé non transmissibles peuvent être transmis entre les personnes, alors, en théorie, les «bons» microbes qui réduisent ces risques peuvent également l’être. Certaines études suggèrent que les microbes peuvent être protecteurs, en particulier au début de la vie, contre des conditions telles que l’asthme et les allergies. Le partage délibéré de morceaux de microbiomes sains, par exemple par le biais de greffes fécales , s’est avéré étonnamment efficace dans le traitement de certaines maladies et infections comme celle de la bactérie Clostridium difficile .
L’augmentation moderne de l’utilisation d’antibiotiques et d’antiseptiques et notre plus grande propreté générale modifient la composition du microbiome et créer davantage de vulnérabilités pour notre santé.
Les maladies inflammatoires de l’intestin, la sclérose en plaques, la polyarthrite rhumatoïde et le diabète de type 1 – qui sont tous considérés comme des troubles immunologiques plutôt que des maladies transmissibles – sont plus répandus dans les sociétés occidentales qui ont tendance à utiliser abondamment les antibiotiques et les antiseptiques.